هذه دورة شاملة مدتها سنتان.  والذين يكملون هذه الدورة يحصلون على لقب " الفاضل الباقوي " يتم فيها  تدريس كتب  الأحاديث من الصحاح الستة والموطأ وشرح معاني الآثار ، وكتب المعقولات والعقائد   ، والقبول فيها للذين يمكلون سبع سنوات من التعلم وفقا لمنهج هذه الجامعة ، وسيكون قبولهم بعد اختبار خبرتهم ومهاراتهم في الكتب المقروئة .

هذه دورة شاملة مدتها سنة واحدة .  والذين يكملون هذه الدورة يحصلون على لقب " العالم الباقوي " يتم فيها  تدريس كتب  التفسير والحديث والفقه وأصوله  ، والقبول فيها للذين يمكلون ستّ سنوات من التعلم وفقا لمنهج هذه الجامعة ، وسيكون قبولهم بعد اختبار خبرتهم ومهاراتهم في الكتب المقروئة .

هذه دروة مدتها سنة واحدة ، وتلك للمتخصصين في الفقه على مذهبي الشافعي والحنفي ، يقرء فيها الكتب الفقهية للمذهبين ، مثل تحفة المحتاج ، والهداية ، ودر المختار ، وغيرها مما سيعدّ للطلاب مهارة عميقة في مسائل الفقه  مع التمرين في الفتاوى تحت إشراف أساتذة  ماهرين ، والقبول فيها لمن حصل على شهادة جامعتنا فقط  العالم أو الفاضل بشروط تشترطها الجامعة 

هذه دورة مدتها سنة واحدة ، والمقصود الأسمى من هذه الدورة تخريج طلاب عارفين بقواعد القرائة والتجويد ، وتحسين قرائتهم وذلك  يكون تحت إشراف أستاذ ماهر ، والقبول فيها لمن حصل على شهادة العالم من أي جامعة